Khuẩn lạc là một đám tập hợp trên một môi trường đặc các vi khuẩn có tính chất giống nhau được sinh ra từ một tế bào ban đầu tạo thành một dòng thuần khiết. Những tế bào của cùng 1 loài bacteria hay cell lines thì có hình dạng đặc trưng giống nhau khi nuôi cấy trên môi trường. Vì từ cùng 1 tế bào nên các tế bào trong khuẩn lạc về di truyền mang tính đồng nhất. Ví dụ, các antibody monoclonal cũng được tạo nên từ các tế bào B như vậy. Có thể hiểu nôm na : khi bạn nuôi cấy 1 loại vi sinh vật nào đó (nấm men, xạ khuẩn...), trong môi trường thuận lợi "nó" sống, phát triển, sinh sản nhiều lên tạo thành 1 "tập đoàn" mà ta có thể quan sát được bằng mắt, đó là "khuẩn lạc". Dựa vào môi trường nuôi cấy, hình dạng, màu sắc khuẩn lạc làm cơ sơ chính để phân loại các nhóm vi khuẩn khác nhau, các nhóm xạ khuẩn khác nhau.. Nếu nói về vi sinh, mỗi loại vi khuẩn sẽ cho các hình dạng khuẩn lạc khác nhau ( lưu ý là nuôi trên môi trường chọn lọc cho nó), kích thước cũng khác nhau . Khuẩn lạc ở vi khuẩn có hình dạng tương tự nhau rất nhiều nên không thể dựa vào đó mà đánh giá nó cùng 1 loài là không đủ chứng cớ mà cần phải có những đánh giá sâu hơn về mặt di truyền và phân tích phylogeny. Tuy nhiên trong nuôi cấy, phân lập, đánh giá về mặt mophology vẫn là điều đầu tiên cần xét đến.